Huxelerate 社の Hugenomic Nanopolish は、 Nanopolish eventalign モジュールのメリットをすべて備えながら、10 倍の性能向上を実現します。また、80 万個 (約 102GB) 以上のゲノム情報を約 3 時間で読み取ることができます。FPGA に実装して高速化されているため、従来ツールと同等の精度を保ちながら、より高性能かつすばやい結果の出力が可能になります。
ベンダー: Huxelerate
更新日: 2020 年 2 月 22 日
サイズ: 320.05 MB
コンテナー バージョン: v1.0
ザイリンクスが提供するこの製品は無償で運用できます。
無償トライアルで下記のサンプル アプリケーションを実行できます。
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このアプリケーションはコンテナー化されており、クラウドまたはオンプレミス上で数分で簡単に実行できます。
| クラウド サービス | |
|---|---|
| AWS |
|
運用方法に応じた手順に従ってください。
git clone https://github.com/Xilinx/Xilinx_Base_Runtime.git
sudo Xilinx_Base_Runtime/utilities/docker_install.sh
/opt/xilinx/cred.json フォルダーの AWS インスタンスに cred.json ファイル (ステップ 1 で取得) をアップロードします。その後、chmod 777 cred.json を実行します。
次のコマンドを実行する
source Xilinx_Base_Runtime/utilities/xilinx_aws_docker_setup.sh
# download example dataset: on this example we already run minimap2
# and samtools to prepare the dataset and generated a golden dataset
# sorted for comparison
wget https://huxelerate-public.s3.amazonaws.com/ecoli-nanopolish-accelize-example/ecoli_2kb_region_nanopolish_example.tar
# untar example dataset
tar xzf ecoli_2kb_region_nanopolish_example.tar
# index the reads
sudo docker run $XILINX_AWS_DOCKER_DEVICES -v /opt/xilinx/cred.json:/usr/share/hugenomic/cred.json -v $PWD/ecoli_2kb_region_nanopolish_example:/ecoli_2kb_region_nanopolish_example hubxilinx/huxelerate_nanopolish_aws_f1 index -d /ecoli_2kb_region_nanopolish_example/fast5_files/ /ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads.fasta
# align the nanopore events to the reference genome
sudo docker run $XILINX_AWS_DOCKER_DEVICES -v /opt/xilinx/cred.json:/usr/share/hugenomic/cred.json -v $PWD/ecoli_2kb_region_nanopolish_example:/ecoli_2kb_region_nanopolish_example hubxilinx/huxelerate_nanopolish_aws_f1 eventalign --reads /ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads.fasta --bam /ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads-ref.sorted.bam --genome /ecoli_2kb_region_nanopolish_example/ref.fa --scale-events > ./ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads-ref.eventalign.txt
Huxelerate ユーザー ガイドをご覧ください
# assess the eventalign output
head ./ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads-ref.eventalign.txt
# sort the output for comparison
sort ./ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads-ref.eventalign.txt > ./ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads-ref.eventalign.sorted.txt
# compare the results with the golden output
diff ./ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads-ref.eventalign.golden.sorted.txt ./ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads-ref.eventalign.sorted.txt