ソリューション
ビット ファイルを生成するときに、-g StartUpClk:CClk オプションが使用されていると、HMAC エラーが発生する可能性があります。
iMPACT を使用してプログラミングする場合、ビットストリーム スタートアップ クロックは、CCLK から JTAG クロックに変わります。
PC メモリに格納されているビットストリームは変更され、結果的に HMAC エラーが発生します。
これを回避するには、iMPACT で [Startup clock Auto Correction] をオフにします。
これは [Edit] → [Preferences] で設定できます。
外部フラッシュ メモリに格納されているコンフィギュレーション データを使って FPGA をプログラムする場合は、この問題は発生しません。