これは本当のエラーではありません。DRP 空間が BIT ファイルで正しくマスクされていないため、変更によりリードバック シグネチャが変更され、エラーが報告されます。
この問題は、ISE Design Suite 14.2 で修正されています。GTH DRP を使用していない場合は、この問題は発生しません。この問題に関してさらにサポートが必要な場合は、ウェブケース (http://japan.xilinx.com/support/clearexpress/websupport.htm) を開いてザイリンクス テクニカル サポートまでご連絡ください。