この問題は、PCIe コア内の MMCM インスタンスをシステム クロックとして使用する場合にのみ発生します。
デザインに別の Clock Generator コアが含まれる場合、このエラーは発生しません。
AXI_ACLK には、62.5MHz 値が含まれます。
GUI には 125MHz と表示されます。 Spartan-6 以外のデバイスではすべてこの値だからです (DS820 参照)。