これは Windows OS で発生する問題です。
ディレクトリにファイルを追加した後に更新ボタンをクリックしても、変更したファイルの [Date Modified] はアップデートされません。
[Date Modified] フィールドがアップデートされるようにするには、いったん別のディレクトリに移動してから元のディレクトリに戻ります。
これはザイリンクスのデザイン ツールの問題ではなく、Java に関連していることが判明しています。
Java の修正は既にリクエストされていますが、その時期は不明です。